好氧堆肥是在通氣條件好，氧氣充足的條件下，好氧菌對廢物進行吸收、氧化以及分解的過程。好氧微生物通過自身的生命活動，把一部分被吸收的有機物氧化成簡單的無機物，同時釋放出可供微生物生長活動所需的能量，而另一部分有機物則被合成新的細胞質，使微生物不斷生長繁殖，產生出更多生物體。通常，好氧堆肥的堆溫較高，一般宜在55-60℃時較好，所以好氧堆肥也稱高溫堆肥。高溫堆肥可以大限度地殺滅病原菌，同時，對有機質的降解速度快，堆肥所需天數短，臭氣發生量少，是堆肥化的較佳選擇。
好氧堆肥原理：
好氧堆肥是依靠專性和兼性好氧細菌的作用降解有機物的生化過程，將要堆腐的有機料與填充料按一定的比例混合，在合適的水分、通氣條件下，使微生物繁殖并降解有機質，從而產生高溫，殺死其中的病原菌及雜草種子，使有機物達到穩定化。在好氧堆肥的過程中，有機廢物中的可溶性小分子有機物質透過微生物的細胞壁和細胞膜而為微生物所吸收和利用。其中的不溶性大分子有機物則先附著在微生物的體外，由微生物所分泌的胞外酶分解成可溶性小分子物質，再輸入其細胞內為微生物所利用。通過微生物的生命活動（合成及分解過程），把一部分被吸收的有機物氧化成簡單的無機物，并提供活動中所需要的能量，而把另一部分有機物轉化成新的細胞物質，供微生物增殖所需。
好氧堆肥工藝流程：
堆肥工藝流程主要包括：前處理～主發酵（一次發酵）～后發酵（二次發酵）～后處理～貯存。
原料的預處理：包括分選、破碎以及含水率及碳氮比的調整。首先去除廢物中的金屬、玻璃、塑料和木材等雜質，并破碎到40毫米左右的粒度，然后選擇堆肥原料進行配料，以便調整水分和碳氮比，可以使用純垃圾，垃圾和糞便之比為7：3或者垃圾與污泥之比為7：3進行混合堆肥。
原料的發酵階段：我國大都采用一次發酵方式，周期長達30天，目前采用二次發酵方式，周期一般用20天。一次發酵是好氧堆肥的中溫與高溫兩個階段的微生物代謝過程，具體從發酵開始，經中溫、高溫然后到達溫度開始下降的整個過程，一般需要10—12天，高溫階段持續時間較長。二次發酵指物料經過一次發酵后，還有一部分易分解和大量難分解的有機物存在，需將其送到后發酵室，堆成1—2米高的堆垛進行二次發酵并腐熟。當溫度穩定在40℃左右時即達腐熟，一般需20—30天。
后處理階段：是對發酵熟化的堆肥進行處理，進一步去除堆肥中前處理過程中沒有去除的雜質和進行必要的破碎過程、經處理后得到的精制堆肥含水在30%左右，碳氮比為15—20。
貯存階段：貯存是指堆肥處理前必須加以堆存管理，一般可直接存放，也可裝袋存放。但貯存時要注意保持干燥通風，防止閉氣受潮。分為三個過程：起始階段、高溫階段、熟化階段。
